Het “Studiehuis” wordt als algemene term gebruikt voor de vernieuwde bovenbouw in HAVO en VWO, ook wel de Tweede Fase genoemd. De vernieuwing betreft twee gebieden: vakken, vakinhouden en afsluiting zijn veranderd (indeling in vier profielen, nieuwe vakken, andere afsluiting): die vernieuwing betreft alle scholen in Nederland. Het andere gebied waarop wordt vernieuwd is pedagogisch en didactisch. Daarbij is er een toegenomen aandacht voor het verwerven van vaardigheden, met name op het gebied van zelfstandig werken en leren. Voor dat laatste gebied hebben de ontwerpers van het Studiehuis zich uitgebreid georienteerd op allerlei al bestaande vormen van het traditioneel vernieuwingsonderwijs, zoals montessorionderwijs en daltononderwijs.
Daarnaast zijn ook recente wetenschappelijke inzichten over didactiek gebruikt in het ontwerp van het Studiehuis. Op dit gebied zijn aan scholen niet echt verplichtingen opgelegd, hoewel de vakmethodes wel duidelijk richtinggevend zijn. Scholen kunnen dus zelf kiezen op welke wijze en in welke mate zij bijvoorbeeld de zelfstandigheid van leerlingen vormgeven. Montessorischolen hebben daarmee al zeer ruim ervaring opgedaan en gaan daarom vaak verder dan andere scholen. Maar ook montessorischolen hebben veel nieuwe ideeën opgedaan in de voorbereiding en uitvoering van het studiehuis.